先にも述べたが、トキソプラズマはほとんどの動物に感染する。
　例えば、ネズミに感染すれば、体内で増殖して脳や筋肉中に潜り込み、「シスト」という“保護膜”の中で休眠する。猫がトキソプラズマに感染したネズミを食べれば、猫の腸管に至り、腸の粘膜中に侵入して増殖。細胞分裂した「子虫」の集団が「オーシスト」^※３という保護膜に包まれたまま、糞便とともに排せつされる（感染能力を持つオーシストを排せつするのは、終宿主である猫だけ）。
　猫の体外に出たオーシスト内の子虫は、１、２日すれば、成熟して感染能力を持つ（猫の体内では体温が高いため、成熟できない）。そのうえ、オーシストは自然環境中で１年ほど感染能力を保ったまま生存する。そのため、野外の庭や公園の砂場などで、トキソプラズマに感染した猫がウンチをすれば、やがてウンチが分解され、土や砂に混じり、その後、土や砂に素手で触った人が手をきれいに洗わず、やはり素手で食べ物を食べれば、口から人の体内に入る。
　あるいは自宅の猫が感染し、室内でウンチをする。そのウンチが１、２日以上放置されれば感染能力を持ち、それが手や衣服に付いて、口から入ることもある。自宅の猫が感染しなくとも、外遊びして体毛にオーシストが付着したまま帰宅。それから人に感染することもある。

※３ オーシスト : 小さな虫体を含んだ卵状のもの。

　猫や人がトキソプラズマに感染するケースで要注意なのが、生肉、特に豚肉や鶏肉からの感染である。土遊びの好きな豚や鶏が感染していれば、その（筋）肉中にトキソプラズマが閉じこもるシストが含まれていても不思議ではない。そのため、豚肉や鶏肉の生肉を調理する台所が感染経路となる。
　トキソプラズマは加熱すれば死滅する。しかし生焼け、生煮えの肉を食べたり、生肉を調理したまな板や包丁を使って刻んだキャベツなどを生のまま食べたりすれば、感染することになる。鶏のササミを刺し身で食べれば、同様である。その他、豚肉や鶏肉の切れ端を生ゴミとして捨て、それを猫が食べれば、人へ感染する可能性もある。

　危険なのは、妊娠中の女性がトキソプラズマに感染した場合である。そのため、猫と暮らす女性が妊娠したら、その人と飼い猫の抗体検査（血液検査）と、猫の糞便中のオーシスト検査を行うことが大切である。
　妊娠前、人も猫もすでにトキソプラズマに感染し、抗体ができていれば（陽性）、オーシストが体内に入っても、すぐに免疫機能が働いて侵入した虫を退治するため、問題はない。
　気をつけるべきは、人も猫も抗体検査の結果が「陰性」の場合である。トキソプラズマに感染しても、抗体検査で陽性反応が出るまで１週間から10日前後かかる。また、トキソプラズマが猫の体内に入ったあと、感染能力を持つオーシストを排せつし始めるまで１週間前後かかる。そのため、人も猫も抗体検査の結果が陰性でも、猫の糞便にオーシストが見つからなくとも、安心はできない。そんな場合、１週間か10日後に再度、抗体検査と糞便検査をして、再確認する必要がある。
　なお、猫の体内に入ったトキソプラズマがオーシストを排せつする期間は、感染後、最長で３週間前後であるため、それ以降、その猫から直接感染することはない。